Οι μικροσκοπικές ιστολογικές αναλύσεις είναι απαραίτητες στην παλαιοπαθολογική μελέτη καθώς δίνουν έγκυρα αποτελέσματα, βοηθώντας τον ερευνητή να διακρίνει τις ταφονομικές από τις παθολογικές αλλοιώσεις στο σκελετό και να μελετήσει τη δομή και τη μικροαρχιτεκτονική του πάσχοντος οστού. Οι μέθοδοι παρασκευής ιστολογικών τομών ποικίλουν. Στα οστά αρχαιολογικής προέλευσης, πιο αποτελεσματική μέθοδος θεωρείται η παρασκευή λεπτών τομών με τη χρήση λειαντικού μηχανήματος (thin ground sections) σε μη απασβεστωμένα οστά. Το δείγμα, αφού κοπεί, τοποθετείται σε καλούπι και  εγκλείεται σε εποξική ρητίνη σε συνθήκες κενού αέρος μέχρι να δημιουργηθεί ένα σκληρό μπλοκ. Στη συνέχεια, κόβεται  σε μικροτόμο και λειαίνεται, με σκοπό να δημιουργηθεί μια λεπτή, διάφανη τομή. Τέλος, χρωματίζεται με ειδικές χρωστικές ουσίες (αιματοξυλίνη & ηωσίνη) και εξετάζεται σε μικροσκόπιο απλού ή πολωμένου φωτός για να μελετηθεί η μικροαρχιτεκτονική και η δομή του.

Το Εργαστήριο διαθέτει σύγχρονο εξοπλισμό για την ιστολογική μελέτη σκελετικών καταλοίπων. Έχει τη δυνατότητα ψυχρού εγκιβωτισμού, τομής, λείανσης και στίλβωσης των δειγμάτων